Летом 1793 года, в преддверии первой годовщины французской республики, Национальное собрание издало постановление: «гробницы и мавзолеи бывших королей, воздвигнутые в церкви Сен-Дени, в храмах и других местах по всей территории Республики, будут разрушены 10 августа». Дело было не только в революционной борьбе с прошлым. Молодое государство, воевавшее с «тиранической Европой», нуждалось в свинце для изготовления пуль, а гробы в захоронениях Сен-Дени изготавливались как раз из этого металла. Эксгумация останков началась в августе и продолжилась в октябре 1793 года. Она проходила под присмотром члена революционной Комиссии памятников Жермена Пуарье и историка Александра Ленуара, которые смогли спасти хоть какие-то ценности от рук взбудораженной толпы.
Революционеры вскрыли 175 захоронений в базилике Сен-Дени и извлекли на свет останки 46 королей, 32 королев, 63 принцев и принцесс, десяти высоких сановников и двух дюжин аббатов. Из королевской усыпальницы были вынесены тела представителей династий Каролингов, Капетингов, Меровингов, Бурбонов, Валуа: Карла IX, Франциска I, Людовика XV, Дагобера I, Филиппа IV Красивого и многих других. Хорошо сохранившееся тело Генриха IV два дня простояло прислонённым к стене в часовне, прежде чем было захоронено. Парижане не стеснялись брать на память ногти, зубы и пряди волос своих давних монархов. Наконец, после того, как гробы были увезены на переплавку, а революционеры реквизировали все ценности, какие только нашли, благородные кости были засыпаны негашёной известью и захоронены в братской могиле на кладбище аббатства.
В 1817 году, во время Второй реставрации, Людовик XVIII распорядился достойно перезахоронить своих предшественников на французском престоле. Так как идентифицировать останки уже не представлялось возможным, их все поместили в крипте отреставрированной базилики Сен-Дени.
