31 декабря 1964 года индонезийский президент Сукарно заявил, что его страна покинет ООН, если новое государство Малайзия, возникшее в результате объединения Малайской Федерации с британскими владениями на севере острова Калимантан, будет признано этой организацией. Уже через неделю, 7 января 1965 года, ему пришлось выполнить свое обещание, поскольку Малайзия была не только признана ООН, но и избрана непостоянным членом Совета Безопасности от стран Содружества. Дипломатический демарш Сукарно отражал начавшуюся с 1963 года конфронтацию между соседними странами. Президент Индонезии считал индонезийским весь Калимантан и поддерживал сепаратистов в Брунее, Сараваке и Сабахе.
Впрочем, в середине 1963 года появилась надежда, что конфликт сможет разрешиться благодаря вмешательству филиппинского президента Диосдадо Макапагала. Он предложил создать из трех государств, Малайзии, Филиппин и Индонезии, конфедерацию, которая должна была получить название по первым слогам стран-членов – Мафилиндо. С таким раскладом Индонезия даже согласилась признать вступление северных регионов Калимантана в Малайзию. По мнению индонезийских руководителей, в новой конфедерации их страна занимала бы доминирующее положение хотя бы потому, что индонезийцев было в пять раз больше, чем филиппинцев, и в десять – чем малайзийцев.
Такие гегемонистские настроения не оставили гипотетическому государству Мафилиндо шансов. После провозглашения в сентябре 1963 года Федерации Малайзии конфронтация возобновилась с новой силой. 17 сентября дипломатические отношения между Малайзией и Индонезией были разорваны. Индонезийская армия, не ограничиваясь партизанскими действиями на Калимантане, даже пыталась (правда, неудачно) высаживать десанты в континентальной части Малайзии, в штате Джохор. Теперь президент Сукарно намеревался не только «вернуть» север Калимантана, а полностью уничтожить соседнее государство, созданное, по его мнению, британцами с помощью «клея и ножниц». Для этого в структуре вооруженных сил им даже было создано специализированное Командование по сокрушению Малайзии.
Как ни странно, конец вооруженному конфликту, в который на стороне Малайзии оказались втянуты британские, австралийские и новозеландские подразделения, положили индонезийские военные. Не желая воевать с Малайзией, они установили тайные контакты с ее руководством за спиной Сукарно и втихую саботировали его распоряжения. После того, как военные под руководством генерала Сухарто подавили коммунистический мятеж, власть в Индонезии фактически оказалась сосредоточена в их руках. В августе 1966 года Сухарто заключил с Малайзией соглашение о прекращении конфликта и восстановлении дипломатических отношений.
