Провозглашённый в 1587 году приказ об изгнании священников осложнил жизнь японским христианам. Священнослужители должны были покинуть страну, проповедь христианства запрещалась, власти конфисковали у иезуитов город Нагасаки. Через десять лет по распоряжению главы правительства Тоётоми Хидэёси там распяли 26 христиан, позже причисленных к лику святых.
Ещё через 17 лет основатель сёгуната Эдо Токугава Иэясу запретил исповедание христианства во всей Японии. Преследования и показательные казни вынуждали людей скрывать свою веру. К 1637 году к террору властей добавились разрушительные тайфуны и продолжавшаяся несколько лет засуха. Терпение крестьян полуострова Симабара (остров Кюсю) и островов Амакуса, преимущественно исповедовавших христианство, лопнуло.
17 декабря 1637 года крестьяне убили сборщика податей. Это событие послужило толчком к началу большого восстания, которое продолжалось 120 дней. В нём участвовало, по разным оценкам, от 27 000 до 37 000 человек — не только крестьяне, но и ремесленники, торговцы, рыбаки и ронины. Повстанцев возглавил 16-летний Амакуса Сиро, взявший христианское имя Иероним. По преданию, он умел ходить по воде, извергать изо рта огонь, а птицы спокойно садились ему на руки, за что последователи почитали юношу Мессией. Поначалу бунтовщикам сопутствовал успех: они разбили 3-тысячное войско, присланное из Нагасаки, и осадили несколько замков. Но затем удача отвернулась от них, и мятежники были вынуждены отступить на полуостров Симабара. Здесь они заняли полуразрушенную крепость Хара, отстроили укрепления и сделали её центром сопротивления. В начале января 1638 года крепость осадила правительственная армия.
Осада длилась несколько месяцев. Некоторое время осаждавшим помогали голландцы, однако без особого успеха. Повстанцы периодически совершали вылазки и в ходе одной из них даже смогли уничтожить 2 000 воинов противника. Однако в то время, как осаждавшие получали новые подкрепления, запасы пищи и боеприпасов осаждённых неизбежно подходили к концу. Прознав об этом, войска сёгуна 12 апреля пошли на штурм. Через три дня крепость пала. Амакуса Сиро, 37 000 его последователей и сочувствовавших были казнены. Христианство окончательно оказалось вне закона, а Япония вступила в долгий период самоизоляции, прервав отношения с внешним миром.
